E-aukce probíhá podle nastaveného scénáře (např. jako aukce jednokolová či vícekolová). Uchazeči podávají nové aukční hodnoty v souladu s pravidly stanovenými ve výzvě. Každým novým podáním aukční hodnoty může dodavatel svoji nabídku pouze vylepšovat (ne zhoršovat). Při každém novém podání aukční hodnoty systém po dodavateli vyžaduje potvrzení této hodnoty. Teprve po tomto potvrzení je nabídka platná. Dodavatel po potvrzení nemůže vzít svou aukční hodnotu zpět. Pokud je jeho nová aukční hodnota o více než 20 % výhodnější než aktuálně nejvhodnější nabídková hodnota, je automatický požadavek systému na potvrzení této hodnoty odlišen od standardního potvrzování, je zvýrazněn. Tento odlišný typ potvrzování by měl zamezit chybám v podaných hodnotách (např. chyba v řádu podané hodnoty).

Pro případ, kdy je veřejná zakázka rozdělena na části, platí pravidlo, že dodavatel se účastní pouze té části, v které během úvodního aukčního kola nabídnul alespoň jednu platnou aukční hodnotu.

Dodavatel je při podávání aukční hodnoty vyzván k připojení zaručeného elektronického podpisu založeného na kvalifikovaném certifikátu – v případě Zjednodušeného Podlimitního Řízení a VZ zadávané na základě rámcové smlouvy s více uchazeči dle ustanovení § 92 odst. 3 ZVZ (minitendr) vždy, v ostatních případech pouze když tuto povinnost stanovil dříve zadavatel

V případě, že se jedná o zadávací řízení e-aukce malého rozsahu pro VZMR (ZŘ 5) a zadavatel zároveň stanovil povinnost šifrovat aukční hodnoty certifikátem veřejného klíče zadavatele, dodavatel je dodavatel systémem vyzván, aby aukční hodnoty zašifroval, či systém hodnoty zašifruje automaticky . Toto neplatí v případě, kdy e-tržiště zajišťuje šifrování aukčních hodnot prostřednictvím šifrované komunikace mezi uživatelskou stanicí a systémem (např. pomocí SSL nebo TLS).