Předmětem plnění je populačně genetická analýza dodaného vzorku jedinců pstruha obecného.
Předmětem zakázky je populačně genetická analýza dodaného vzorku jedinců pstruha obecného ze čtyř odlišných genetických linií v rámci projektu „Posilování populací perlorodky říční v lokalitách soustavy Natura 2000 v zeleném pásu Bavorsko – Česko“ finančně podpořeného z prostředků Cíl EÚS Česká republika – Svobodný stát Bavorsko a Evropského fondu pro regionální rozvoj, číslo projektu 221.
K populačně genetické analýze dodá objednatel v první etapě 340 ks pstruha obecného. Objednatel předpokládá, že v dodaném vzorku budou zastoupeni jedinci ze čtyř odlišných genetických linií. Pro následnou studii (která není předmětem této zakázky) zadavatel potřebuje 60 jedinců pstruha obecného od každé ze čtyř genetických linií. V případě, že v analyzovaném vzorku nebude od každé genetické linie zastoupeno potřebné množství jedinců, dodá objednatel zhotoviteli další jedince v rozsahu nezbytném k řádnému splnění účelu této smlouvy, a to na základě písemné dohody objednatele se zhotovitelem. Maximální možný celkový počet dodaných jedinců pstruha obecného, na kterých bude provedena genetická analýza, je 500 ks za celou dobu plnění zakázky. Veškeré ryby budou objednatelem dodány v termínu od 15.04.2019 do 15.05.2019.
Zhotovitel odebere genetický materiál z prsních ploutví ryb o max. velikosti 0,5 cm2. Je-li možno využít méně invazivní způsob, zadavatel takovou metodu připouští. Každého jedince pstruha obecného označí zhotovitel individuálním čipem, pomocí něhož bude možno následně spárovat výsledky genetické analýzy s konkrétním jedincem.
Testovány budou jednotlivé mikrosatelitové markery. Fragmentační analýza bude provedena na 12 mikrosatelitových lokusech u každého jedince. Analýza mikrosatelitových lokusů bude provedena na sadě předvybraných lokusů dle Lerceteau-Köhler. E., Weiss. S., 2006. Development of a multiplex PCR microsatellite assay in brown trout Salmo trutta, and its potential application for the genus. Aquaculture 258, 641-645.
Vyhodnocení populačně genetické analýzy bude provedeno základními statistickými metodami, pomocí nichž budou jedinci rozlišeni do čtyř geneticky odlišných linií. Výsledky budou shrnuty v závěrečné zprávě, kterou zadavatel dodá do 30. 6. 2019.